Plant Transcription factor database - Universität Potsdam
version: 3.0

Zea mays AP2-EREBP Family

Description

Riechmann & Meyerowitz. 1998: AP2 (APETALA2) and EREBPs (ethylene-responsive element binding proteins) are the prototypic members of a family of transcription factors unique to plants, whose distinguishing characteristic is that they contain the so-called AP2 DNA-binding domain. AP2/ REBP genes form a large multigene family, and they play a variety of roles throughout the plant life cycle: from being key regulators of several developmental processes, like floral organ identity determination or control of leaf epidermal cell identity, to forming part of the mechanisms used by plants to respond to various types of biotic and environmental stress.

Shigyo et al. 2006: AP2/EREBP genes are divided into two subfamilies: AP2 genes with two AP2 domains and EREBP genes with a single AP2/ERF (Ethylene Responsive Element Binding Factor) domain. Expressions of AP2-like genes, including AP2, in Arabidopsis thaliana are regulated by the microRNA miR172. We found that the target site of miR172 is significantly conserved in gymnosperm AP2 homologs, suggesting that regulatory mechanisms of gene expression using microRNA have been conserved over the three hundred million years since the divergence of gymnosperm and flowering plant lineages.

Members of this family
  SHOULD possess AP2 domain

Domain alignments

Benchmark against A. thaliana

The Sensitivity and Positive Predictive Value (PPV) were assessed for this family. The data reported by Feng et al. 2005 for A. thaliana were taken as gold standard.

The gold standard reported 147 members for this family, 146 of which are present in ArabTFDB, giving a PPV of 1.00. One additional member not present in ArabTFDB might be a false negative, giving a Sensitivity of 0.99.

This family is also present in:

References

There are 330 gene models in this family



Gene modelDescriptionDomains
AC184833.2_FGP037 AP2
AC188759.3_FGP038 AP2
AC191036.2_FGP031 AP2
AC191727.3_FGP040 AP2
AC200038.4_FGP046 AP2
AC200497.4_FGP041 AP2
AC202889.3_FGP043 AP2
AC203168.3_FGP025 AP2
AC203218.3_FGP032 AP2
AC203745.3_FGP039 AP2
AC204230.3_FGP032 AP2
AC205072.3_FGP033 AP2
AC205602.3_FGP028 AP2
AC206031.3_FGP041 AP2
AC206951.3_FGP050 AP2
AC208626.2_FGP035 AP2
AC209251.3_FGP034 AP2
AC210298.2_FGP041 AP2
AC210530.3_FGP039 AP2
AC213639.3_FGP051 AP2
AC213666.3_FGP035 AP2
AC213781.3_FGP050 AP2
AC214241.3_FGP028 AP2
AC225558.3_FGP048 AP2
AC231401.1_FGP038 AP2
GRMZM2G000520_P01 AP2
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GRMZM2G007061_P02 AP2
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GRMZM2G007727_P01 AP2
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GRMZM2G012836_P02 AP2
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GRMZM2G013657_P02 AP2
GRMZM2G013657_P04 AP2
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GRMZM2G016341_P02 AP2
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GRMZM2G018398_P01 AP2
GRMZM2G018398_P02 AP2
GRMZM2G018859_P01 AP2
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GRMZM2G021573_P02 AP2
GRMZM2G021573_P03 AP2
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GRMZM2G023300_P01 AP2
GRMZM2G023708_P01 AP2
GRMZM2G024871_P01 AP2
GRMZM2G025062_P01 AP2
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GRMZM2G028151_P01 AP2
GRMZM2G028151_P02 AP2
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GRMZM2G030513_P01 AP2
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GRMZM2G038129_P01 AP2 B3
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GRMZM2G039112_P01 AP2
GRMZM2G039718_P01 AP2
GRMZM2G039870_P01 AP2
GRMZM2G040434_P01 AP2
GRMZM2G040664_P01 AP2
GRMZM2G041839_P01 AP2
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GRMZM2G042395_P02 AP2
GRMZM2G042395_P03 AP2
GRMZM2G042756_P01 AP2
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GRMZM2G044272_P02 AP2
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GRMZM2G047918_P01 AP2
GRMZM2G047999_P01 AP2
GRMZM2G048621_P01 AP2
GRMZM2G049359_P01 AP2
GRMZM2G050654_P01 AP2
GRMZM2G050851_P01 AP2
GRMZM2G052044_P01 AP2
GRMZM2G052667_P01 AP2
GRMZM2G052667_P02 AP2
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GRMZM2G055070_P01 AP2
GRMZM2G055078_P01 AP2
GRMZM2G055078_P02 AP2
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GRMZM2G056541_P01 AP2
GRMZM2G056729_P01 AP2
GRMZM2G056847_P01 AP2
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GRMZM2G059939_P01 AP2
GRMZM2G059939_P02 AP2 B3
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GRMZM2G060465_P01 AP2
GRMZM2G060517_P01 AP2
GRMZM2G060876_P01 AP2
GRMZM2G061227_P01 AP2
GRMZM2G061365_P01 AP2
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GRMZM2G062608_P01 AP2
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GRMZM2G064379_P01 AP2
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GRMZM2G066158_P01 AP2
GRMZM2G067463_P01 AP2
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GRMZM2G075433_P01 AP2
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GRMZM2G079653_P01 AP2
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GRMZM2G097992_P01 AP2
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GRMZM2G097992_P03 AP2
GRMZM2G097992_P06 AP2
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GRMZM2G103085_P01 AP2
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GRMZM2G104260_P01 AP2
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GRMZM2G105266_P01 AP2
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GRMZM2G117203_P03 AP2
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GRMZM2G131266_P01 AP2
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GRMZM2G138374_P01 AP2
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GRMZM2G141231_P01 AP2
GRMZM2G141335_P01 AP2
GRMZM2G141638_P01 AP2
GRMZM2G141679_P01 AP2
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GRMZM2G142179_P01 AP2
GRMZM2G142974_P01 AP2
GRMZM2G144417_P01 AP2
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GRMZM2G145785_P01 AP2
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GRMZM2G146660_P01 AP2
GRMZM2G146688_P01 AP2
GRMZM2G148333_P01 AP2
GRMZM2G148333_P02 AP2
GRMZM2G149756_P01 AP2
GRMZM2G150119_P01 AP2
GRMZM2G151239_P01 AP2
GRMZM2G151542_P01 AP2
GRMZM2G155876_P01 AP2
GRMZM2G156006_P01 AP2
GRMZM2G156499_P01 AP2
GRMZM2G156737_P01 AP2
GRMZM2G159592_P01 AP2 B3
GRMZM2G160050_P01 AP2
GRMZM2G160419_P01 AP2
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GRMZM2G160730_P02 AP2
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GRMZM2G163745_P01 AP2
GRMZM2G164302_P01 AP2
GRMZM2G164302_P02 AP2
GRMZM2G164591_P01 AP2
GRMZM2G164656_P01 AP2
GRMZM2G165257_P01 AP2
GRMZM2G169382_P01 AP2
GRMZM2G169654_P01 AP2 B3
GRMZM2G171179_P01 AP2
GRMZM2G171179_P02 AP2
GRMZM2G171569_P01 AP2
GRMZM2G173771_P01 AP2
GRMZM2G174347_P01 AP2
GRMZM2G174784_P01 AP2
GRMZM2G174784_P02 AP2
GRMZM2G174784_P03 AP2
GRMZM2G174834_P02 AP2
GRMZM2G174834_P03 AP2
GRMZM2G174834_P04 AP2
GRMZM2G174917_P01 AP2
GRMZM2G175525_P01 AP2
GRMZM2G175543_P01 AP2
GRMZM2G175856_P01 AP2
GRMZM2G175866_P01 AP2
GRMZM2G176175_P01 AP2
GRMZM2G176175_P02 AP2
GRMZM2G176772_P01 AP2
GRMZM2G176920_P01 AP2
GRMZM2G178131_P01 AP2
GRMZM2G178673_P01 AP2

General references

Gutterson, N; Reuber, TL. 2004. Regulation of disease resistance pathways by AP2/ERF transcription factors. Curr. Opin. Plant Biol. 7(4):465-71 PUBMEDID:15231271
Liu, Y; Zhao, TJ; Liu, JM; Liu, WQ; Liu, Q; Yan, YB; Zhou, HM. 2006. The conserved Ala37 in the ERF/AP2 domain is essential for binding with the DRE element and the GCC box. FEBS Lett. 580(5):1303-8 PUBMEDID:16457823
Magnani, E; Sjölander, K; Hake, S. 2004. From endonucleases to transcription factors: evolution of the AP2 DNA binding domain in plants. Plant Cell 16(9):2265-77 PUBMEDID:15319480
Ohme-Takagi, M; Shinshi, H. 1995. Ethylene-inducible DNA binding proteins that interact with an ethylene-responsive element. Plant Cell 7(2):173-82 PUBMEDID:7756828
Riechmann, JL; Meyerowitz, EM. 1998. The AP2/EREBP family of plant transcription factors. Biol. Chem. 379(6):633-46 PUBMEDID:9687012
Shigyo, M; Hasebe, M; Ito, M. 2006. Molecular evolution of the AP2 subfamily. Gene 366(2):256-65 PUBMEDID:16388920
Shigyo, M; Ito, M. 2004. Analysis of gymnosperm two-AP2-domain-containing genes. Dev. Genes Evol. 214(3):105-14 PUBMEDID:14986134
Weigel, D. 1995. The APETALA2 domain is related to a novel type of DNA binding domain. Plant Cell 7(4):388-9 PUBMEDID:7773013